The Second Raid (TSR) es la secuela del primer Full Metal Panic y continúa la historia desde el final de la anterior. Basado en la novela de Full Metal Panic la versión anime entra en más detalles íntimos de Sousuke y Kaname, y por supuesto, de acción. La serie comienza dos meses después de los eventos ocurridos en el Tuatha de Danaan al final de la serie original (Full Metal Panic). Mithril toma conciencia de una organización secreta que tiene en sus manos tecnología capaz de contener el modo ECS (Electronic Cloaking System).
En un futuro lejano, la gente construye sus hogares y hace su vida en cavernas subterráneas. Viven por tanto con un miedo constante a los ocasionales terremotos y posibles desplomes, desde hace ya cientos de años. Jeeha es uno de esos pueblos. Cierto día, un chico llamado Simon se encuentra un pequeño y brillante taladro mientras trabaja en la expansión del pueblo. Cuando regresa de la excavación con su hallazgo, Kamina, un chaval que tiene la creencia de que existe otro mundo por encima de su pueblo, le persuade para que se una a su banda para atravesar el techo y abandonar la caverna.
En el año 2041, un objeto desconocido procedente del enemigo aparece de repente en el Sistema Solar. Es un enemigo llamado Zerabaia. Destruyendo las bases de todos los planetas que encuentra a su paso, esta cruel arma se acerca más y más a la Tierra. Pero, esta invasión de la Tierra estaba ya prevista... Preparado secretamente para la batalla, un hombre llamado Kurain Sandoman está al mando del ejército Aasu Garutsu para contraatacar. Y su baza se llama "Gravion", un mecha con forma humanoide fabricado para unirse a otras enormes unidades llamadas GD. Ese día, cuando Zerabaia comienza su ataque a la Tierra, un joven busca a su hermana desaparecida. Buscando pistas, se introduce en la base de Sandoman. Allí, en el hangar, se encontró con otro extraño hombre. "Eres igual que yo... sabía que estabas aquí... otro chico como yo". Con una sonrisa despreocupada, le dice que és el piloto principal del "Dios Gravion", Touga. El GD con que Eiji soñó un día que escaparía. Eiji fue de repente registrado automáticamente como piloto y fue obligado a entrar en combate. Arrollando las ciudades, la gran arma con forma de espada, Zerabaia, aparece frente al GD de Eiji. Y así, el Grankaiza de Touga, con Luna, Eina, Mijiki y una misteriosa chica, aparece en el lugar. Eiji ni siquiera sabe qué está haciendo en la cabina. Y entonces, los 5 mechas se unen para formar el "Dios Gravion". El destino de la Tierra está en manos de estos cinco jóvenes.
