La historia de estas novelas giran en torno a Yuushi Inaba, un joven de 16 años cuyos padres fallecieron hace ya tres años. Tras vivir en la casa de su tío, decide trasladarse a la residencia de su instituto. Esos planes se ven truncados cuando la residencia sufre un incendio. Finalmente, consigue encontrar un apartamento barato por unos 25.000 yenes de alquiler. Yuushi acaba dándose cuenta de que el apartamento está habitado por todo tipo de criaturas fantásticas: fantasmas, yokai y mononoke. Su vida diaria no volverá a ser igual.
La historia comienza cuando Shizuka, una chica reservada, va a una fiesta pero tiene problemas para adaptarse al ambiente. Una bella mujer universitaria llamada Ryou empieza a hablarle y conectan inmediatamente. Inesperadamente, Ryou besa a Shizuka y la empotra. Shizuka termina yendo a casa de Ryou a pasar la noche y, aunque al principio cree que es una lesbiana, pronto descubre que en realidad se trata de un hombre vestido de mujer.
En el año 2045 el mundo está contaminado por Irousu, misteriosos invasores que aparecieron de la nada. Los humanos están restringidos y contenidos, y enfrentándose a estos invasores hay chicas normales y corrientes procedentes de todos los lugares, sin un poderoso ejército detrás o incluso sin armas. La Academia femenina Shinjugammine recoge a las llamadas “Hoshimori” (Guardianas de las estrellas), chicas destinadas a combatir los Irousu. El jugador es asignado a esta academia para entrenar a sus estudiantes y recuperar la Tierra contaminada.
En la historia, un japonés otaku de los mecha muere en un accidente de coche, reencarnándose su alma en otro mundo como Ernesti Echevarria. Eru hereda los recuerdos e intereses de su vida previa y aspira a convertirse en piloto de Silhouette Knight, un enorme arma humanoide que solo existe en este mundo.
En Touken Ranbu, el jugador asume el rol de un sabio que viaja al pasado para acabar con una fuerza demoníaca y que posee el poder de dar vida a espadas legendarias del pasado, las cuales adquieren la forma de hermosos jóvenes.
En la segunda guerra mundial en medio del caos, un mago logró robar el Santo Grial cuidado por los espíritus heroicos y los 7 magos. Varias década han pasado, y la familia Yggdmillennia se ha decidido independizar de la asociación de magos, provocando furia en estos y enviando un equipo para hacerles frente. Con estas circunstancias la guerra por el Santo Grial ha cambiado a algo sin precedentes, con 2 fracciones en un total de 7 contra 7 magos enfrentándose.
Hyakkaou es una academia privada para alumnos con un currículo particular. Aquí no importa si eres rico, inteligente o atlético; lo que importa en Hyakkaou es que sepas usar tus capacidades de negociación al 100%. Aquellas personas que no son capaces de seguir el ritmo de la academia son tratados de la peor manera; pero cuando llega Yumeko Jabami las cosas comienzan a cambiar.
La historia nos traslada a un mundo en el que youkais y humanos conviven sin problemas y se relacionan entre ellos. El problema viene por el hecho de que las vidas humanas son finitas, y los youkai que aman a un humano tienen que sufrir la pérdida de sus seres queridos. Aunque un humano muera y renazca, encontrándolo el youkai que lo amaba, los recuerdos de la anterior vida del humano han desaparecido por completo. Con esto se hace popular cierto “servicio” entre los youkai, y es que algunos de ellos tienen la capacidad de hacer que los humanos recuperen sus recuerdos de su vida anterior. Así, si un youkai pierde a su ser amado y quiere recuperar sus recuerdos, puede pagar el precio que le pidan y seguir con su romántica vida en compañía.
En un hermoso día de primavera, con los pétalos de cerezo ya cayendo, la ingenua princesa de un pequeño país llega a su nueva escuela en Hokkaido. Su nombre es Lion, y la escuela es una academia especial regentada por ALCA en la que entrenan Logicalists para proteger la paz en el mundo. Lion se unirá a la Clase S, reservada para las mejores de la escuela, donde conocerá a la profesional Nina. Esta es la historia de las vidas diarias de unas Logicalists en entrenamiento.
